D. Sebastião foi um dos reis mais amados pelo povo português. Começou a reinar aos 14 anos e morreu aos 24 anos, em 1580, na Batalha de Alcácer Quibir.
Visto ser ainda muito jovem, D. Sebastião morreu antes de ser pai e portanto, não deixou um herdeiro directo ao trono.
Assim, quem o iria substituir como rei do Reino de Portugal?
Com a morte de D. Sebastião, as possibilidades de sucessão ficaram reduzidas a uns poucos descendentes de D. Manuel I, sendo três deles seus netos e um bisneto. Os sucessores possíveis eram D. Catarina, neta de D. Manuel I e esposa de D. João I, Duque de Bragança, ou o seu filho Teodósio que era ainda um jovem adolescente. Havia também D. António, o Prior do Crato que também era neto de D. Manuel I mas, era considerado por muitos como ilegítimo e por isso era uma hipótese rejeitada por muitos naquela época. Além destes, havia ainda D. Filipe II de Espanha, neto de D. Manuel I de Portugal por parte de mãe.
Assim, o Rei de Espanha D. Filipe II acabou por ser reconhecido em Portugal como rei, visto que era o parente legítimo mais próximo da realeza. Deste modo, em 1581 ele passou a ser conhecido por cá como D. Filipe I de Portugal.
Mas, esta situação de Portugal e Espanha serem governados pelo mesmo rei fazia com que, de certo modo, Portugal perdesse a sua independência. Isso fez com que alguns proclamassem o prior do Crato como Rei de Portugal em 1580, e quando D. Filipe foi proclamado rei, houve uma crise institucional em que ambos batalharam pelo poder. No entanto, em 1583, o Prior do Crato foi derrotado por D. Filipe I pois este contava com o apoio da burguesia e também da nobreza tradicional, que não queria ter como rei um descendente ilegítimo.
Escudo do Rei de Espanha durante a União Ibérica (Autor: Imagem em domínio público)
Ao domínio da Dinastia Filipina deu-se também o nome de União Ibérica de modo que deu-se assim origem ao maior império de sempre que compreendia vários territórios em todas as partes do mundo. Nem mesmo o Império Romano era tão extenso como a União Ibérica.
No entanto, quando Filipe II de Espanha assumiu o reinado em Portugal, o seu reino estava envolvido numa guerra que já durava desde 1568, que ficou conhecida como a Guerra dos Oitenta Anos devido ao tempo que a mesma durou. Esta era uma guerra contra a Inglaterra, a França e Holanda, países com os quais anteriormente Portugal mantinha uma boa relação. Mas, visto que os Reinos passaram a estar unidos debaixo do mesmo rei, as relações entre Portugal e esses países esfriaram.
Em 1588 a Invencível Armada Espanhola foi derrotada e estes países passaram a viajar e conquistar uma série de terras que anteriormente pertenciam a Portugal. Visto que a maioria das terras descobertas por Portugal eram costeiras e de fácil acesso, e visto que Portugal tinha-se tornado um país volátil, governado por um rei que apenas favorecia os interesses espanhóis, Portugal perdeu muitas terras do seu Império Colonial sendo que algumas delas nunca mais foram recuperadas. Este foi portanto um período negro da História de Portugal.
Mais tarde, em 1640, foi restaurada a independência a Portugal e nessa altura foi restabelecida a aliança com Inglaterra. Apesar de inicialmente os ingleses apoiarem a Holanda, mais tarde eles acabariam por desafiá-los e passarem a apoiar integralmente Portugal.
Portugal passou então ao contra-ataque recuperando terras como o Brasil e Luanda, mas a proeminência que Portugal detinha na Ásia foi completamente perdida.
A Independência de Portugal foi restaurada devido a uma revolta dos portugueses contra o governo de Filipe III de Portugal, IV de Espanha. Ao passo que os reinados do seu avô e do seu pai terem sido pacíficos, D. Filipe III passou a mexer em assuntos que colocavam em causa a soberania portuguesa e por isso, em 1 de dezembro de 1640, D. João II, Duque de Bragança, com o apoio do Cardeal Richeliau de França encetou a restauração da independência e em 15 de Dezembro do mesmo ano foi coroado como D. João IV, rei de Portugal.